告别扇斗父女后，小智等人来到了一个乌云密布的城市，看着四周上林立的厂房和浑浊的河流，小智等人心情都不好了。
“这个地方工厂林立，看上去环境污染的很严重啊，只是怎么这么冷清呢？”小智观察着四周，眉毛皱得很深。
“这里好像叫做黑云市哎，还真是黑云密布呢。”小霞看着训练家手册介绍道，“听说这里以前因为到处是工厂，所以很繁华哦，不过…”
“因为这个原因，所以天空和大海都受到了污染，又没落了起来。”小刚接口道。
小智这时注意到脚边的皮卡丘的状况不对，赶紧抱起它说，“皮卡丘你怎么了？”
皮卡丘只是红着脸看了小智一眼就昏过去了，身上发出一阵的电流把小智电的发出痛呼。
“小智，你没事吧？×2”小霞和小刚看被电的不清的小智，连忙关心地问道。
“嘶，还好，我们赶紧去神奇宝贝中心让乔伊小姐看一下吧。”小智摇摇头表示没事，然后就抱着皮卡丘，带着小霞和小刚一起赶去前面的神奇宝贝中心。
进入神奇宝贝中心后，小智看前台没人，连忙按响叫铃，只见一个一脸无精打采的乔伊小姐走了出来，“受不了唉，你不知道现在几点钟吗？很多好孩子这个点都睡觉去了。”
“对不起，只是我的皮卡丘在进入黑云市后就变成这个样子了，请你一定要赶紧给它治疗。”小智抱起皮卡丘到乔伊小姐面前恳求道。
只是这个乔伊小姐还是有气无力的，只见她漫不经心地说道，“不要急，不要急，你看皮卡丘的双颊有放电出来呢，这个是电气老鼠感冒的初期症状，只要让它在这里待一晚上很快就治好了。”
小智闻言把皮卡丘递给乔伊小姐，无奈的说道，“那拜托你好好给它治疗吧，看你的样子难怪被其他乔伊小姐说是最古怪的一个。”
乔伊小姐闻言红着脸反驳道，“不对，她们才是奇怪的呢。”对此小智等人都不太相信，没看到连小刚都没有上去搭讪的意思。
只是没多久，小智他们说完话没多久，正准备到一旁休息一下，神奇宝贝中心的电力都消失，乔伊小姐也冲出来对众人道，“不得了了，我们这里还有很多神奇宝贝需要治疗，如果电力再不恢复的话，这些神奇宝贝都会有生命危险的。”
“我知道了，请乔伊小姐告诉我发电厂的位置，我会赶快恢复这里的电力的。”小智闻言立刻站起身询问发电厂的位置，小霞和小刚也都站起身表示要一起帮忙。
但是皮卡丘这时已经醒了过来，表示也要过去帮忙，“不行了，皮卡丘你还在生病，你在这里乖乖等我哦，我很快就会回来的。”小智温柔的摸着皮卡丘的头，可是这次皮卡丘说什么也不肯，无奈小智只能带上它一起过去。
于是小智一行人根据乔伊小姐的指引，快速的跑向发电厂的位置所在，只是还没到就看到了火箭队被炸飞。
“好讨厌的感觉啊！×3”
以为又是火箭队搞的鬼，小智他们赶紧跑到发电厂，只见发电厂的入口，有两个像是工作人员的人躺在地上，小智和小刚将他们扶起后才终于知道了发电厂停电的原因。
原来一开始突然停电是因为有一大群臭泥堵住了发电机的海水吸出口，被他们用备用发电的小磁怪和三合一磁怪暂时打跑了，之后臭泥们的老大臭臭泥又带着臭泥们打来，结果还没开打发电厂的上方被一只闪电鸟打破，臭泥们和三合一磁怪门都被闪电鸟打到。至于火箭队则是开着他们的潜水艇冲进来想抓闪电鸟，结果被一下打雷给打飞。到现在为止闪电鸟还在里面吸收电力。
听完原因小智他们都很惊讶，居然有闪电鸟，不过考虑神奇宝贝中心的神奇宝贝们，小智他们也选择硬上了。走进发电机室，他们就看到了一群被电翻在地的臭泥和臭臭泥以及被吸走电力瘫软在地的小磁怪的三合一磁怪们，抬头一看一只闪电鸟真在发电机上吸收着电力。
小智开启波导防护罩将自己等人和一众神奇宝贝们都罩住，这才开口对那只闪电鸟道，“闪电鸟，请你暂时不要再吸收发电机的电力了，因为你很多神奇宝贝都有危险了。”
“嘎！”（可是我现在肚子好饿！）闪电鸟摇头叫道。
听着闪电鸟那带着稚气的话，小智明白这还是只未成年的闪电鸟，于是开口说道，“闪电鸟，肚子饿的话，我这里还有很多食物，只要你停下吸收电力我保证会有你爱吃的食物。”
“嘎嘎…”（我不相信你们人类，刚刚就是一组两人一猫的奇怪家伙想用奇怪的东西抓我。）
听了这话，小智恨不得把已经飞走的火箭队抓回来暴打一顿，不过看闪电鸟的样子，言语上是说不通了，只能试着收服看看了，于是转头对小霞和小刚说道，“这只闪电鸟被火箭队那这家伙搞得不相信我的话了，只能全力以赴试着收服它看看，小霞和小刚也一起放出全部神奇宝贝帮我。”
听了小智的话，小霞和小刚也明白只能这样了，不然神奇宝贝中心的神奇宝贝们就危险了。皮卡丘也表示要出战，这次小智也没有再拒绝了。
“好，那我们速战速决，大家都出来吧。就决定是你了，比雕、叉字蝠、火恐龙、卡咪龟、巴大蝴、火爆猴。”小智对小霞和小刚说了声，就放出了自己身上带着的精灵，然后低头跟皮卡丘也说了句“皮卡丘你也上，但是你不要太勉强自己哦。”
小智的妙蛙种子因为已经到了进化的边缘，可是一直不肯进化，说是要靠自己这个身体来让那些被抛弃的神奇宝贝们知道不进化也能变得最强，可是被小智说如果那些被同样抛弃神奇宝贝因为它这样而得不到更大的实力提升怎么办，被说愣了的妙蛙种子想要自己想清楚，于是被小智送回了研究所里。
回到发电厂里，小霞和小刚也放出了自己的全部神奇宝贝。
“出来吧，宝石海星、巨钳蟹、暴鲤龙、可达鸭。”
“我们也上吧，出来吧小拳石、大岩蛇、超音蝠、六尾。”
闪电鸟看着场上出现的一众神奇宝贝，愤怒地飞了起来大叫道，“嘎！”（果然是想抓我，有本事就来吧！）
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