在亚钢收获了一只珍贵无比、堪称是虫系准神的火神蛾幼体燃烧虫后，亚钢和小智他们一行人继续向着下一个城镇前进。
而就在亚钢他们一行人离开捕虫镇，继续前进的过程中，亚钢他们为了过河，向一位拥有渡船的老人借船。老人为了帮助孙女完成研究，要求亚钢他们想办法抓到胡说树，才愿意把他们送过河去。于是小智为了赶快过河，就去寻找胡说树了。可是胡说树不只躲藏的功夫很高，还会用绝招来反击。更糟糕的是，中途连火箭队都跑出来抢夺胡说树。在一团混乱之后，老人的孙女完成了研究，亚钢他们才过了河。
而好不容易过了河，亚钢他们又遇到了大木博士，大木博士带着亚钢他们来到了发现有很多古代神奇宝贝化石的阿露福遗迹。大木博士的学生在这里做研究，说发现了活着的菊石兽跟多刺菊石兽！而就在同一时间，火箭队等人采集阿露福泉水样本，也在泉中发现这些活化石而大肆捕捉！亚钢他们为了保护古代神奇宝贝，又与火箭队大打出手。
总算是把大木博士送回了真新镇让小茂的姐姐大木娜娜美照顾，又由于小智的缘故，亚钢他们再次华丽丽的迷路了！不过在寻找正确道路的途中，小智竟然带着亚钢他们找到了一个波波屋！波波屋是利用传信波波送信与邮件的一种古老而传统的店铺，老板的孙子小渡喜欢波波，也想继承家业，但是他爷爷却有意在这一代就收起来，不想让小渡受苦。小智和小渡很快交了朋友，想要帮小渡完成他的愿望，而就在小智在想办法的时候，发生了火箭队滥捕波波的意外状况！于是小智与小渡连手打倒了火箭队，同时也让小渡的爷爷改变了主意。
过了河，帮了大木博士，又帮了小渡，这一路走的可真是精彩！而在小智又一次带着亚钢他们在森林里迷路后，而突然森林里又下起了雨！于是为了躲雨，小智在森林里找到了一个诊疗所。这里就是安娜小姐的诊疗所。她是专门使用超音蝠为人治疗的医生。安娜小姐是一个漂亮的大姐姐，而小刚的老毛病又犯了！跟安娜献殷勤。按照惯例，小智等人所到之处，火箭队也随之而到。因为小刚的毛病，小刚与安娜小姐与火箭队误入机关，掉到大宅的地下迷宫里。后来在两队人马的同心协力下，才勉强救出了安娜小姐和火箭队。
总算是解决了一系列的事，在小霞个亚钢的强压下，终于，他们走上了前往正确园朱市的路。而亚钢一行人，正在某一条山路上往下走，就在这个时候…
亚钢他们在往下走的时候，突然听到后面有急促的跑步的声音，地面带有轻微震动，小智他们往后看的时候，他们都惊讶了。
“是肯泰罗。”小智看见肯泰罗在向着他们行驶的方向跑去，“啊...”
亚钢他们赶紧退到一旁，成功避开了肯泰罗的冲撞，但是肯泰罗还是一直的往下冲去。
“来人啊，谁来帮我阻止它？”肯泰罗跑去之后，接着有一个少年因跑得太累而跪在地上请求着，想必刚才那只肯泰罗就是这个少年的神奇宝贝了。
听了少年的话后，小智往肯泰罗跑的方向望去，突然，看见肯泰罗跑的方向的前面有一位正在行走的老爷爷，眼看就要被肯泰罗给撞上了。
“啊，老爷爷有危险了。”小智看见老爷爷快要被肯泰罗撞上，他赶紧往下快速的滑去。
“小智...”小霞看见小智往下滑担心的叫了一句。
在肯泰罗快要撞上老爷爷的时候，那老爷爷察觉到了肯泰罗正在向他靠近，他迅速的从上衣内拿出了一个神奇宝贝球，正准备放出神奇宝贝的时候，小智滑到了他的旁边并且拿出了神奇宝贝球。
“老爷爷，小心，快闪开，妙蛙种子，就决定是你了。”小智放出了妙蛙种子。
“这个少年拿出妙蛙种子想要做什么啊？”老爷爷看见小智放出妙蛙种子，不知道小智做什么。
“妙蛙种子，快点使用藤鞭绝招阻止肯泰罗。”小智说道。
“种子。”妙蛙种子使出了藤鞭把肯泰罗前面的两只脚给拉了起来，肯泰罗瞬时倒在地上。
“原来如此啊。”老爷爷明白小智放出妙蛙种子是做什么了。
“老爷爷，麻烦您快退后。”小智走到老爷爷的前面说道，老爷爷听完之后往后退了几步。
被妙蛙种子绊倒的肯泰罗很是生气，用力的跺了跺脚，然后快速的向着妙蛙种子冲去。
“妙蛙种子，等它冲到最近的地方时再避开。”小智对着妙蛙种子说道。
“种子。”妙蛙种子点头示意知道之后，肯泰罗就向着妙蛙花冲了过去。
“右边。”小智提示着。
妙蛙种子听到之后就快速的向着左边跳了过去，轻松的避开了肯泰罗的冲撞。肯泰罗看见妙蛙种子那么轻松的避开了它的冲撞，很是生气，再次跺脚向着妙蛙种子冲了过去。
“左边。”
妙蛙种子用力的往上跳，跳到了肯泰罗的后面，肯泰罗的冲撞再次落空。
“这只妙蛙种子的动作居然这么敏捷，看来这个少年培养得真好啊。”老爷爷看见妙蛙种子的敏捷感慨的说道。
“好，就这样对着肯泰罗的脚使出藤鞭。”小智继续说着。
妙蛙种子快速的使出了藤鞭，轻松的抓住了肯泰罗的双脚，然后妙蛙种子用力的把肯泰罗给拉到了后面，并且给肯泰罗一记狠狠地一摔，肯泰罗摔倒在了地上，受到了很重的伤害。
“就是现在，使用催眠粉。”
“种子。”妙蛙种子从它的背上的种子中喷出了大量的睡眠粉，肯泰罗把睡眠粉吸进去之后就睡着了。
“干得不错，妙蛙种子。”小智称赞着妙蛙种子。
“谢谢你们的帮忙，它的屁股被大针蜂刺到以后，就突然发起疯来了。”亚钢带着巨金怪，小刚、小霞以及刚才的少年跑了过来，少年边向大家解释边拿出了神奇宝贝球将肯泰罗给收了进去。
“哈哈哈...”老爷爷突然大笑了起来，然后走到了小智他们的面前，“你的妙蛙种子培养得相当不错啊，我中意，请务必到我家来一趟。”
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