项玉带着军队抵达台南之后，随行的两千陆军士兵下了船开赴城中去驻扎了，而海军这个时候则就驻扎在大海湾里面，因为这里的独特地势，使得清军如果要进攻台南的话就要走跟当年郑家水军一样的线路，所以台湾城就显得十分的关键了。
早在项玉之前从马尼拉返回的时候，邓明就已经开始在一段鲲上面修建炮台了，因为岛上有一个台湾城，所以这些火炮几乎都布置在城内，这样既可以顾及到北边的航道，而且又能增加城市的防御力，因为中华军的火炮的射程十分远，所以即使在城墙上安装火炮，封锁的面积也是相当的大，清军想要无伤亡的通过大港，几乎是不可能的。
而且因为中华军的火炮的射程十分远，所以就算是清军想要学郑家军对趁着涨潮的时候通过鹿耳门水道也是不可能的，因为这里也在中华军的火炮封锁范围之内。
但是清军也有可能从内海，贴着海岸线一侧进入大海湾，这也是中华军的舰队进入海湾的路径，不过这样一来他们所处的位置就相当的尴尬了，不仅要面对海面上的中华军的舰队，而且还会被两面陆地上的火炮夹击，因此清军不会采取这样的路径。
中华军目前的应对策略是依靠台湾城，也就是安平城的岸防火炮，结阵对抗清军的进攻，将五艘铁甲舰放在外围，依靠他们的机动性牵扯敌人，也可以抓住战机对敌人发动袭击，以分担中间的主力舰队身上的压力，所以这个时候一方面要加强台湾城上面的城防和火炮的数量，一边要进行近海一带的海战的演练。
这一次中华军的对手的实力空前的强大，他们拥有众多的战舰，就算是这些战舰相对来说不如西班牙人那么先进，但是架不住数量众多，根据中华军的情报，敌军战舰上的火炮并不是十分的先进，当年金门海战的时候，郑家水军主将黄安就曾经和施琅交过手，虽然最后郑家水军还是失败了，但是当时双方的火炮都没有太大的建树，最后甚至将战船挤成了一堆展开了肉搏战，打的十分的惨烈。
项玉知道这个时候清军水军会在船上带上众多的士兵，这些士兵有些装备火器，有的装备弓箭，负责在接舷战的时候对敌方进行火力压制，再加上他们可以白刃战的士兵人数众多，所以一旦双方的战舰挨在一起去了，中华军这边可能会抵挡不住，中华军的战舰本来就少，稍有损失对战力的影响很大，所以应该尽力避免和对付打肉搏战。
为此中华军采用了一种很常见的双船编队，这是一种长纵队，1805年的特拉加法尔之战之中，英国皇家海军就采用两个长纵队穿破了法军的队形，最终取得了这一战的胜利。
中华军采用的也是双纵队，每列纵队前面有一艘吨位大、船体坚固且火力凶猛的战舰领头，这个任务显然是用铁甲舰最为合适了，两艘新下水的铁甲舰安北舰、马尼拉舰这个时候正在进行海试，海试的时间大大的缩短了，船上的火炮在陆地上已经经过校验了，安装在船上之后只需要进行稳定性测试就好，海试主要是测试舰船的锅炉是否稳定，基隆舰的首舰基隆号就曾经出现过战船在海上行驶的时候蒸汽机出现了当机，幸好船上还有船帆，可以缓慢的前进，要不然只能用其他战舰将它牵引回来了，其他战舰比它小太多了，这件工作想想都觉得累。
海试的时间只有两个月，一般是船厂自己进行海试之后在交给海军，但是这个时候因为舰船上面已经安装了圈套的作战设备，所以海军直接就将船接受过来了，然后派出了船员和舰长登船，跟着船厂的技术人员一起，一边海试一边训练，只要船只不沉一切都还好。
这两艘战舰分别担任两列纵队的首舰，为此他们的舰壳经过加厚，装甲厚度达到了一百毫米，这么厚的装甲这个时候绝大部分的火炮，就算是近距离的击中它的装甲，它们也不会沉没，这样他们才能带领着剩下的战船劈波斩浪撕开敌人的阵型。
就在中华军这边整军备战的时候，清军内部却陷入了一场争论，起初这只是一场战前的军事会议，施琅召集众将领，想要了解一下大家对于作战有什么看法。
施琅部下有六员大将，这个时候齐聚一堂，吴英提出要诱敌出洞，在外海与敌人交战，这样对清军更为有利，原因很简单，如果清军打到台湾的近海去了，不仅会陷入对当地的水情不了解的不利境地，而且敌人还有可能会利用地形对清军的舰队采取分割袭扰的战术，大军接近四五百艘战舰，遭到偷袭之后一时之间首尾不能相顾，自然会出现防御上的空档，说不定敌人就会抓住这样的空档发动攻击。
另一名部将汪明对吴英的观点表示支持，但是却在如何诱敌出动这一点上面和吴英陷入了争执。
“吴总兵的观点，末将不敢苟同，随便派出一支舰队敌方很容易就猜透我们的心思，因此不仅不能诱使敌军上当，反而会使得敌人的警惕性大大提高，这对于我们的进攻来说是极为不利的，所以我不同意吴总兵的观点。”
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