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开办京师大学堂这样的新学，光绪确实也琢磨过慈禧的心思，不过按照光绪对历史的了解，开办京师大学堂真正的阻力，其实并不在慈禧这里。戊戌变法那么大的阵仗，独独保留京师大学堂，说明慈禧也不完全是不明白事理的人，而且科举最终也是在慈禧手里废掉的，可见国家危难，也逼迫的她也不得不面对泰西日渐强盛，大清逐渐衰微的局面，想着用新学来挽救满清的天下。
举新学而汰旧学，真正的阻力其实是在士大夫和身后万千的学子身上。起于隋唐的科举制度，一直沿习了一千多年，但是到了明清两代，伴随着八股文盛行，科举已经不仅仅是一种简单的考试制度，而是逐渐演变为中国政治、思想文化进程中一个巨大的魔兽。
一方面，科举是普通人出头的重要途径，科举及第者享有光宗耀祖鱼跃龙门的荣誉，让天下学子争先恐后，一头转进八股文中，竭力维护科举的正统。再加上中国文化传统中重术而轻视技术的传统，导致明清以后科学技术严重落后于西方。其中的弊端，明末学者顾炎武就曾经说过，八股之害，尤甚于焚书。
而另一方面，科举制度的政治化，使得从科举中受益的官僚结成了一种奇特的师生裙带关系，座师拔擢学生，学生依附于座师，此外还有所谓的“同年”等等，相互结成牢不可破的利益群体，牵一发而动全身，从明代的东林党一直延续到清朝，互通声息，党同伐异。
虽然对科举的种种弊端，穿越而来的光绪非常清楚。然而此时废掉科举，对光绪来说基本上是不可能完成的任务。以他的级别和战斗力，充其量打点小怪兽还可以，去摸科举的屁股，打破此时天下人的利益纽带，那基本上是分分钟被秒杀。
况且即便是他来的那个时代，铺天盖地的应试教育，又何尝没有科举的影子在里面。科举不仅是一种考试制度，已经变成一种思维模式和习惯，深深植根于历史文化的脉络当中，所以光绪才暂时不去触碰科举这样一个大魔兽，而是从京师大学堂入手，慢慢为这个黑暗蒙昧的国家打开一扇窗，让里面的人呼吸点新鲜空气。
历史上，这个国家的门窗其实也是这样慢慢打开的，只不过这个过程当中，沾满了很多人的鲜血。
光绪不想流血，他的血要留到甲午，和日本人比谁的血多。
但是即便只是办一个京师大学堂，也遭到了朝野上下的一片非议。朝堂当中，以徐桐为首的各部大臣，吩咐上折子强烈反对开办京师大学堂，和孙家鼐等人展开论战。而支持徐桐的大臣，竟然占了大多数。一到上朝的时候，便是唇枪舌剑，争论的不可开交。
这很正常，这些大臣都是从科举中出来的，靠着旧学维持着现在的身份地位，谁要打破这样的秩序，当然是要与之决一死战的。
稍微让光绪略感欣慰的是，与朝堂之上反对京师大学堂的声音相比，李鸿章、刘坤一、张之洞等人却上折支持开办京师大学堂。这三个人在各省督抚中的份量是相当重的，无形当中，也促使慈禧默认了开办京师大学堂的举动。
而真实的历史上，当年的光绪为了办京师大学堂，一直筹办了三年，直到戊戌变法的时候才找到机会强行开办。所以对于朝廷当中守旧势力的质疑和反对，光绪心里是有数的。该闹的就让他们闹去，该办的他自己绝不含糊。
开办京师大学堂这件事情，慈禧已经找他谈过了，虽然没有赞成，可也没有明确反对，只是模棱两可的同意让光绪先试着做一做，但是有一个条件，那就是绝不能因为办新学，而把朝廷一直赖以维系的旧学抛在一边，京师大学堂里面还是要教授一定旧学的内容。说白了，还是张之洞的那套“新学为体，旧学为用”的框框。
新办的京师大学堂里面教授四书五经？相当于上思想政治课了。光绪毫不犹豫的就答应下来。这个东东他有经验，学了十多年的思想政治课了，猪肉吃过，猪跑也见过，慈禧想用旧学来洗脑，恐怕将来是搬起石头砸自己的脚。新学，不就是把旧学作为靶子吗？
有了这一层主意，朝堂当中的争议光绪一点也不在意，也不去管，反而是颇有兴趣的希望双方闹的更厉害一点。不掀起舆论，不引起争议，这个国家还不就是一潭死水吗？
而另一边，光绪则是一连下了几道旨意，让户部和工部着手京师大学堂的筹办事宜，京师大学堂管学大臣一职当然就是孙家鼐，但是仅仅有孙家鼐光绪觉得还远远不够，又由朝廷下旨，调严复、吴汝纶、辜鸿铭等人进京，担任京师大学堂的正副总教习，协办京师大学堂事宜。而京师大学堂的地址，光绪也是毫不费力，就像历史上发生的那样，将地安门内马神庙空闲府第改建而成京师大学堂。
至于京师大学堂的改建工程，光绪反复踌躇，还是决定交给杜怀川来办理。一来是自己人用得顺手，二来有杜怀川兼管，就不怕背地里有人掣肘，搞东搞西，影响了京师大学堂的开办。而这个时候，也才真正见到了去年光绪让林启兆发动那场生丝大战的功效。
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