告别伊布四兄弟后离开史顿镇的小智一行人再次踏上了旅行，一路上他们又一次留下不少故事。
先是在一个被荆棘和卡比兽挡住重要水源河道的村子里，帮助村民将一个之前在路边会吹宝可梦之笛的老人带到他的卡比兽那里，老人吹响唤醒卡比兽的笛声后，让卡比兽吃完堵塞河道的荆棘后，众人在村民的热情招待后再次踏上了旅行。
之后又顺路来到了黑暗市，那里有两家由不良青年组成的道馆，由于一直得不到联盟的承认，双方都觉得是因为对方，常常在街道上火并，搞得这里民不聊生。
于是小智他们出手制止了双方的争斗，小刚的超音蝠也进化成了大嘴蝠，之后双方还想动手，被一个联盟派来的神奇宝贝鉴定员乔伊小姐制止。
看着被乔伊小姐教训后，勒令恢复城镇的两伙人，小智他们就在当地的人和乔伊小姐欢送下离开了
之后他们来到一个城镇里，当地刚好在举行嘉年华活动，小智等人也兴奋得加入其中。
可是他们不知道的是这里有个马戏团，马戏团里有个喜欢玩火却不被人看好的魔术师马健，而他因为没钱再付合作女郎的薪水而被抛弃后，一直抑郁不得志的他终于选择了报复社会。
他带着自己的蛋蛋来到附近的椰蛋树森林里，让蛋蛋用催眠术催眠了所有椰蛋树，让椰蛋树们对城市发起践踏。而可怜的火箭队三人组原本还在吃着午饭，突然被一群疾跑过来的椰蛋树给撞飞了。
之后小智他们见情况不妙，连忙出手挡住椰蛋树群，小刚的小鸭嘴龙也因此进化成了鸭嘴火龙，说来也奇怪，不知道是不是所有的火系神奇宝贝在进化后都会变得有点骄傲，小智的火恐龙和火精灵也是这样。
最后在冰精灵强大又覆盖面及广的暴风雪下，所有的椰蛋树都恢复正常，被赶来的君莎小姐和警察先生带出了原来的栖息地，而那个魔术师马健因此也被捕了，据君莎小姐所说应该是这辈子都出不来了，他的蛋蛋也被君莎小姐他们带走了。
在结束了嘉年华事件后，小智等人一路走走停停，给一个森林里的小镇少女清美的派拉斯帮忙进化成派拉斯特后，终于他们又到了一个沙漠中的不夜城霓虹镇，只不过…
“哎！搞什么鬼啊！撞的我很痛耶！”进入霓虹镇后，一个男子跑过来撞到小智，不道歉还很冲的对小智。
“可是，是你自己先撞到我的啊！”本来还想好声好气道歉的小智一听这话，顿时就不乐意了。
“你说什么！”那个男子瞪着他凶恶的眼神，小智也不甘示弱回瞪他。
这时，旁边的街道上，一名君莎小姐来着飞快赶来的摩托，将小智他们拉开，对着那个男子道，“好了，好了，不要再吵架了！快走，快走…”
“切，最近的小鬼太嚣张了！”那个男子看是君莎小姐，于是撇脸走开了。
见男子走后，君莎小姐又对小智道，“小朋友怎么可以夜里出来乱逛呢！”
“可我们是刚刚到这个地方的啊…”小智无奈道。
“你刚到的话就应该先去旅店住进去，这个地方的人都很容易生气的！”君莎小姐一副不耐烦的样子，“大家都很少睡觉，所以脾气都暴躁易怒，你不要连这种小事都麻烦我解释好不好！”
君莎小姐还想教训小智点什么，结果听到不远处又发生争吵，立刻来着摩托车就赶去了。
“连君莎小姐脾气都不好了…”小霞看着风风火火的君莎小姐，担忧地说道。
之后众人就在旅店做了入住登记，听着外面吵杂的声音，过了很久才睡被困意打败睡着了。
第二天天亮，出了旅店后，小智等人就看到还有人在外面吵架了，君莎小姐不停地来回劝阻，小智提议赶紧走，得到两人同意后，就带着皮卡丘赶紧出了霓虹镇。
霓虹镇外面的森林里，感受着森林中的安静祥和，众人的心也得到了释怀。这时走在路上的他们看到一只胖丁，小霞一下子被胖丁可爱的样子给吸引了。
“出来吧，海星星…”小霞看到胖丁顿时想要收服它，可是…“呱”
“为什么跑出来的是你这只笨鸭子啊！”看着又一次自作主张跑出来的可达鸭，小霞大吼着将它收回宝贝球里。
“等一下了小霞。”眼看又要丢出宝贝球的小霞，一旁已经走上前观察胖丁异常的小智赶紧阻止她道，“你看这只胖丁的样子不大对啊！”
闻言停下手中动作的小霞，也跟小刚一起走上前观察胖丁。
“波力波力…”胖丁看着温柔地蹲下身给它检查的小智，胖丁带着泪花的眼睛张嘴沙哑地说着。
“哦，你是误食了特辣的辣樱果把嗓子给辣哑了啊，这个简单…”小智听了胖丁的话，转身对身后的小刚道，“小刚，你那里应该有这种药吧。”
“嗯，这种简单的药我一直有带。”小刚说着从背包里拿出拿出一个药品给小智。
“波力”胖丁看着小智递过来的药品，想着小智能听懂它的话，有那么温柔对它，也不怀疑吃了下去。
没过一会儿，胖丁感觉嗓子一阵清凉，发出的声音也恢复正常了，开心地跳到了小智怀里撒娇起来。
“对不起啊胖丁，刚才不知道你受伤就准备攻击你。”小霞看着小智怀里的胖丁，向它道歉道。
“波力波力”胖丁看着小霞摇头表示没事后，又把脸贴着小智的胸口撒起娇来。
见此小智也很喜欢这个小家伙，于是跟它说想收服它，小霞见此也不阻止，毕竟发现胖丁异常的人也是小智，觉得自己还修行不够的小霞也暗暗下决心认真学习。至于胖丁更是直接同意了，它也很喜欢这个温柔的小智。
将胖丁收服后，小智将冰精灵传送回了研究所，不过这只胖丁和皮卡丘一样不喜欢呆在宝贝球里，于是小智现在肩膀上站着皮卡丘，怀里抱着胖丁，把小霞给羡慕得直接抓下皮卡丘抱在自己怀里。
不过走在路上，小智他们就发现了一点问题，那就是这只胖丁很喜欢唱歌，虽然歌声很动听，但是却不会控制自己是普通的唱歌还是唱歌绝招。
尤其在小智送了它一个在之前嘉年华的得到的能扩音的签字笔后，更是会时不时地开始唱歌。
好在小智的波导防护罩可以隔绝唱歌绝招带来的力量，不然不知道要被胖丁用笔涂成什么样。早知道一开始没发现的他们第一次听到唱歌绝招，来不及反应的他们睡着后被胖丁用签字笔涂成了奇奇怪怪的样子，为此小智还给气鼓鼓的胖丁赔礼道歉了好久。
好在经过一段时间的训练后，胖丁已经可以控制唱歌了，可算是让众人和一众神奇宝贝都松了口气。
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